Résumé: Mystery Inc. a fait une bévue lors d'une affaire en faisant emprisonner un homme innocent, et l'équipe est alors mise en « retraite anticipée ». Mais peu de temps après, leur vieil ami Vincent Van Ghoul les appelle à la rescousse, et les affaires reprennent. Tout a commencé un été, lorsque Scooby-Doo, Shaggy et Daphne ont traqué en secret 12 des fantômes les plus terrifiants du monde... mais ils ont laissé filer le 13e fantôme, le plus machiavélique de tous. La menace gronde, et l'équipe devra...